El secretariado regional de ESCUELAS CATÓLICAS DE MADRID está integrado por los directores de los distintos departamentos de la sede, y es el órgano de coordinación de todos ellos. Al frente figura el presidente que, normalmente, delegará esta función en el secretario regional. El secretariado, también denominado Consejo de Dirección, se reunirá, al menos, una vez cada quince días. El secretariado de ESCUELAS CATÓLICAS DE MADRID se estructura en Departamentos. En la actualidad, están constituidos los siguientes:

• Secretaría Regional, de la que forma parte el secretario/a regional, su secretaría general administrativa y de la Junta Rectora, su gabinete de comunicación y la unidad de programas transversales. Al frente se encuentra Emilio Díaz Muñoz, asistido por Susana Ruiz y Oscar Barroso, en la unidad de programas, con Adolfo Martínez  (bilingüismo, BEDA) , Ignacio Robledo (servicio de empleo) apoyado por Yolanda García. Dependen también del departamento los servicios transversales de recepción y teléfono, a cargo de Yolanda García.
  
• Departamento de Relaciones Institucionales y Comunicación, persigue apoyar a la Secretaría Regional en las relaciones externas con instituciones gubernamentales, políticas o eclesiales. Al frente está Emilio Díaz, apoyado por Graciela Grande
• Departamento Pedagógico y Pastoral, responsable de los asuntos de formación de directivos y profesorado, jornadas, cursos, fundación tripartita, programas de sensibilización, investigación, apoyo a la identidad de las escuelas católicas y asesoría pedagógica. Está dirigido por Patrocinio González
• Departamento de Asesoría Jurídica, el departamento está integrado por Elia Mª Ecija, Sonia Merino, Mariano Núñez, José Antonio Poveda e Inés García, quien lo dirige. Les ayuda Oscar Barroso en las gestiones de secretaría. Sus funciones son apoyar al secretariado regional en todo lo concerniente a la política educativa y normativa legal, asistiendo y asesorando a las instituciones titulares y a sus Centros en todas las cuestiones de orden legal que guarden relación con el funcionamiento de los centros educativos.
  
• Departamento de Deporte Escolar, integrado por su director, Javier Esteban, y por Javier Rivero, Carlos Gómez. Bajo su responsabilidad se encuentra la organización y gestión de los Juegos Escolares, la programación de eventos, la búsqueda de financiación para la realización de las competiciones, y la colaboración con la entidad de deporte escolar nacional EMDE, y con la internacional  FISEC .
• Departamento de Administración y Gestión, En su competencia se encuentra todo lo concerniente al mantenimiento y buena organización de la sede, tanto del inmovilizado como de los equipamientos. Así mismo, corresponden al departamento la administración económica de la sede y la búsqueda y negociación de acuerdos con entidades que puedan suponer vías alternativas de financiación. Dirige el departamento Juan José Roldán, que es apoyado por Tamara Muñoz, Fernando Ariza, Jesús Cerezo y por Pilar Gálvez en las cuestiones económicas, contables y de inventario. 
• EGAUMA. Se trata de la sociedad anónima limitada creada por la Asociación Educación y Gestión de Madrid, con objeto de desarrollar las funciones de gestión administrativa laboral de los Centros de ESCUELAS CATÓLICAS que contraten dicho servicio. La dirección corresponde a Armando Vega, colaborando técnicos en relaciones laborales Olga Carreño, Teresa Peralbo, Juan Trenado, José Sánchez, Eva Carrascosa, Silvia Lope, Beatriz Arias, C. Enrique Martínez, Irene Villanueva, Loudes Martínez, Alejandra Jiménez, J. Carlos de la Cruz asistidos por Inmaculada Nieto, Beatriz Méndez, Rafael González y Rocío  VázquezJuan José Roldan desempeña las funciones de delegado de EyG en la sociedad, garantizando la coordinación entre esta empresa y el secretariado de ESCUELAS CATÓLICAS DE MADRID.